1993-tól útjára indult a Tárcaközi Célprojekt (később Nemzeti Projekt), melynek célkitűzése az atomerőművi eredetű kis és közepes aktivitású radioaktív hulladék végleges elhelyezésének megoldása lett. Ennek keretében megkezdődött a telephely-kiválasztás előkészítése.
Szakirodalmi adatok alapján az ország teljes területét áttekintették, majd az ígéretes térségekben – ahol azt a lakosság is támogatta – előzetes helyszíni kutatásokat végeztek a felszíni és felszín alatti elhelyezésre alkalmas földtani objektumok azonosítása érdekében.
1996-ban a földtani, műszaki biztonsági és gazdasági vizsgálatok záródokumentuma Bátaapáti külterületén, Üveghuta térségében javasolt további vizsgálatokat a felszín alatti, gránitban történő elhelyezésre, tartalékban tartva felszíni tároló létesítésére alkalmasnak látszó telephelyeket. Kedvezőnek minősül ez a terület abból a szempontból is, hogy az atomerőműtől nem messze, a Duna ugyanazon partján helyezkedik el. Így az a döntés született, hogy a részletesebb kutatások 1997-ben Üveghuta térségében kezdődjenek meg.
2004-ben elkészült a föld alatti kutatások 2007-ig érvényes terve, amelyet a Magyar Geológiai Szolgálat Dél-Dunántúli Területi Hivatala véleményezett, majd jóváhagyott. A kutatási terv végrehajtása a tárolót befogadó kőzettérfogat kijelölésére irányult. A Központi Nukleáris Pénzügyi Alappal rendelkező miniszter 2004. december 14-én jóváhagyta a kutatási programot, amelynek kivitelezője a közbeszerzési pályázaton kiválasztott Mecsekérc Zrt. lett.
A föld alatti kutatási munkák 2005 februárjában a lejtaknák mélyítésével megkezdődtek. Két további fontos esemény történt 2005-ben. Bátaapáti képviselőtestülete kezdeményezésére véleménynyilvánító népszavazást tartottak a községben. Magas (75%-os) részvétellel a szavazók 90,7%-a egyetértett azzal, hogy Bátaapátiban kis és közepes aktivitású hulladéktároló épüljön. A magyar Országgyűlés 2005. november 21-én az Atomtörvény 7. § (2) bekezdése alapján előzetes, elvi hozzájárulást adott a földtanilag már korábban alkalmasnak minősített területen kis és közepes aktivitású hulladéktároló létesítését előkészítő tevékenység megkezdéséhez. Az Országgyűlési határozatot a jelenlévő képviselők döntő többsége (339 fő, 96,6%) támogatta.
1998 végén, az 1997–1998-ban végzett földtudományi munkákról szóló kutatási zárójelentésben a Magyar Állami Földtani Intézet (MÁFI) javaslatot tett arra, hogy az üveghutai kutatási területen kezdődjenek meg az engedélyezést és létesítést megalapozó részletes geológiai és telephely-jellemzési munkák. A kutatási zárójelentést a programot felügyelő szakértők elfogadásra javasolták.
A 2006-os év fontos eseménye volt a bátaapáti beruházással összefüggő engedélyezési eljárások gyorsítása. A 2006. évi LIII. törvényben foglalt felhatalmazással élve a Kormány a 275/2006. (XII.15.) Korm. rendeletben a fenti törvény hatálya alá tartozó kiemelt jelentőségű beruházásnak nyilvánította a Bátaapátiban létesülő hulladéktárolót.
A program ezen a ponton szakmai és politikai viták középpontjába került. Ezért az Országos Atomenergia Hivatal kezdeményezésére a Nemzetközi Atomenergia Ügynökség szakértői felülvizsgálták a program keretében elvégzett tevékenységeket, és az addigi eredményekkel egyetértve a kutatások folytatását javasolták.
A Magyar Geológiai Szolgálat szintén szakvéleményezte az elvégzett kutatásokat, és azzal egyetértett. A kutatási eredményekre támaszkodó biztonsági elemzések igazolták, hogy a területen a tároló biztonságosan üzemeltethető.
Az engedélyezett terv alapján végrehajtott földtani kutatásokról zárójelentés készült 2003. év végén, melynek fő megállapítása a következő: „A Bátaapáti (Üveghuta) telephely a rendeletben megfogalmazott valamennyi követelményt teljesíti, így földtanilag alkalmas kis és közepes aktivitású radioaktív hulladékok végleges elhelyezésére.” Ezt a dokumentumot az illetékes földtani hatóság, a Magyar Geológiai Szolgálat Dél-Dunántúli Területi Hivatala véleményezte, és határozattal elfogadta. Mivel a fellebbezési időn belül a határozat ellen kifogást nem emeltek, így az 2003. év végén jogerőre emelkedett.
A Nemzeti Radioaktívhulladék-tároló 2008. szeptember 25-én üzembe helyezési engedélyt kapott a felszíni telephely üzemeltetésére az Állami Népegészségügyi és Tisztiorvosi Szolgálat területileg illetékes Sugáregészségügyi Decentrumától. 2008. október 6–án ünnepélyes keretek között került átadásra a Nemzeti Radioaktívhulladék-tároló felszíni létesítményei Bátaapátiban.
A tároló felszíni létesítményeinek üzemeltetésével párhuzamosan, a létesítési engedélynek megfelelően folytatódott a felszín alatti térrész kialakítása.
A létesítés második ütemében, 2012-re kihajtották az első két felszín alatti tárolókamrát (I-K1 és I-K2) és megépültek a kiszolgáló technológiai rendszerek. Az NRHT I-K1 kamrájának üzembe vételére, a radioaktív hulladék beszállítására és végleges elhelyezésére vonatkozó üzemeltetési engedély 2012. szeptember 10-én vált jogerőssé. Az I-K1 kamra ünnepélyes átadására és az első vasbeton konténer végleges elhelyezésére 2012. december 5-én került sor. Ezzel megkezdődött az atomerőművi eredetű kis és közepes aktivitású radioaktív hulladékok végleges elhelyezése.
